La coordination du programme sur le plan scientifique, a été confiée à la Maison des sciences de l'Homme (Paris), dans le cadre de la convention-cadre qui la lie au ministère des Affaires étrangères (MAE). La neutralité de la MSH et son expérience de la coopération internationale au niveau de la recherche avancée garantissent l'ouverture du projet à tous les partenaires scientifiques des deux rives de la Méditerranée, et facilitent le suivi scientifique des actions engagées.

La mise en œuvre du programme s'articule autour de quatre composantes :

• Composante 1 : " Développement de projets de recherche conjointe " : 1 500 000 €. La gestion des appels à propositions de recherche ainsi que le suivi de l'exécution des projets sélectionnés et de l'évaluation scientifique en sont confiés à la Maison des sciences de l'Homme, opérateur scientifique.
• Composante 2 : " Formation, échanges et mobilité " : 800 000 €. La mise en place des actions d'échanges, de formation et de mobilité liées à la recherche scientifique est confiée à la MSH.
• Composante 3 : " Information et traductions scientifiques, compétences linguistiques " : 600 000 €. Les services centraux du MAE, les Postes diplomatiques et la MSH assurent la mise en œuvre des différents volets d'activités de cette composante.
• Composante 4 : " Management et communication " : 100 000 €. Sa mise en œuvre est assurée par le MAE et la MSH.

Gestion du programme :

La MSH est chargée de la responsabilité d'opérateur scientifique. Elle assure le secrétariat exécutif de tous les volets du programme qui lui sont confiés, la préparation des appels à propositions, la mise en place des crédits attribués aux équipes de recherche sélectionnées et l'animation scientifique et l'organisation du suivi du programme.

Trois comités suivent la mise en œuvre et la réalisation du programme :

• Le comité de pilotage, présidé par le ministère français des Affaires étrangères (DGCID : Direction générale de la Coopération internationale et du Développement) : il se réunit au début et à la fin du programme et deux fois au cours de celui-ci ; il fixe les grandes orientations du programme et valide les choix scientifiques établis par le comité de suivi.
  Il est composé de dix personnes : deux représentants de la Direction de la Coopération scientifique, universitaire et de recherche (DGCID/SU/A), l'administrateur de la MSH et les représentants des institutions suivantes :

  • Ministère français de la Jeunesse, de l'Éducation nationale et de la Recherche (DRIC/MJENR) ;
    
  • Ministère français délégué à la Recherche et aux Nouvelles technologies (DR/MRNT) ;
    
  • CNRS ;
    
  • IRD ;
    
  • Ministères algérien, marocain et tunisien de l'Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique
  .
  
  

• Le comité de suivi, présidé par le MAE (DGCID/SU/A) : il se réunit autant que de besoin (au moins deux fois par an) à la demande de l'opérateur scientifique (MSH) ou du MAE. Instance de décision, il est chargé de sélectionner les propositions et activités de recherche qui feront l'objet de financements au titre de ce programme, sur la base des évaluations réalisées par le comité scientifique, et d'assurer le suivi et l'évaluation à mi-parcours du programme.
  Il est composé des représentants de la MSH, de la Maison Méditerranée des Sciences de l'Homme (MMSH), du Département (SUR/R et SU/A), des trois Postes diplomatiques, de la Direction des Relations internationales et de la Coopération (DRIC ) et de la Direction de la Recherche du MEN, du CNRS, de l'IRD et des trois pays du Maghreb désignés intuitu personae par le comité de pilotage, soit quinze personnes.

• Le comité scientifique dont les membres, identifiés intuitu personae par le comité de suivi et nommés par le comité de pilotage, sont issus des milieux universitaires et de la recherche des trois pays du Maghreb et de France.
  Ce comité scientifique a la charge d'évaluer les projets de recherche dans le cadre de l'appel à propositions. Il est composé de six groupes d'experts (un par thématique) formé chacun de cinq personnes (deux français, un algérien, un marocain et un tunisien), soit au total 30 personnes. Ses avis sont consultatifs.
  Il est présidé par l'Administrateur de la MSH. Le MAE y est représenté par le Sous-Directeur des Sciences sociales et de l'Archéologie (SU/A).